אחד המאפיינים היחודיים ביותר של בית הכנסת העתיק בציפורי הוא כיוון התפילה. בית הכנסת לא פונה לכיוון ירושלים אלא לכיוון מערב, לפי הדעה המופיעה בגמרא (שלא התקבלה להלכה) שהיות והשכינה תמיד במערב יש להתפלל לכיוון זה מכל מקום.
בית הכנסת שנתגלה בחפירות ארכיאולוגיות של האוניברסיטה העברית בתשנ”ד (1994) מתוארך למאה ה-5. המאפיין המוכר ביותר הוא הפסיפס המפורסם והמרהיב של בית הכנסת.
במרכז הרצפה גלגל המזלות ובמרכז הגלגל כוכב השמש רוכב על מרכבה רתומה לארבעה סוסים. בניגוד להקשר האסטרולוגי של גלגלי המזלות אליו אנחנו רגילים היום (האסור על פי ההלכה), בתקופה זו הגלגלים סימלו את עונות השנה החקלאיות, נושא שכמובן מוצא את מקומו בתפילות שלנו עד היום.
בנוסף לסמלים אלו הנמצאים במרכז, זרועות הפסיפס מלאים בציורים של סיפורים תנ”כיים כגון עקדת יצחק, הקדשת אהרון, עבודת המקדש וציור ארון הקודש.
הכיתובים בפסיפס ובבית הכנסת כתובים ב-3 שפות: עברית – שפת הקודש. יוונית – שפת הממשל וארמית – השפה המדוברת על ידי רוב העם באזור.
בציפורי היה קיים יישוב כבר בימי בית ראשון ולפי הגמרא העיר הייתה מוקפת חומה מימי יהושע בן נון, אבל העיר תפסה חשיבות רבה בימי בית שני.
לפי התלמוד מקור השם ציפורי הוא משום שהעיר “יושבת בראש ההר כצפור”.
