בית הרב קוק הינו חלק ממתחם הקרוי “בית דוד” אשר הינו אחד המבנים הראשונים שנבנו מחוץ לחומות ירושלים העתיקה. המבנה נקרא על שמו של ר’ דוד רייז אשר יזם את בניית המבנה אחרי שמע בראש השנה תרל”ג (1872) דרשה מפי ר’ יוסף רבלין, ממייסדי ‘נחלת שבעה’ ובה קרא ליהודי ירושלים לצאת ולבנות שכונות חדשות. מבנה זה היה מבודד לגמרי ובעצם היווה שכונה בפני עצמה אשר הייתה ‘גשר’ בין שכונת ‘נחלת שבעה’ ובין שכונת ‘מאה שערים’ שהוקמה כשנתיים לאחר מכן.
בשנת תרפ”א (1921) נבנה בקומה השניה בשלושת האגפים הנותרים, ביתו של הרב קוק. לבית כניסה נפרדת וחצר מיוחדת. הרב קוק נכנס לגור בבית זה בשנת תרפ”ג (1923) והתגורר בו עד סוף חייו.
מעבר למגורים החדרים שימשו גם לחדר העבודה והלימוד של הרב, אזור לקבלת קהל, ספרייה ובית המדרש של הישיבה שהוקמה במקום (שלימים תהפוך לישיבת מרכז הרב).
כיום הבית משמש למרכז הנצחה לפעילותו של הרב קוק ולתורתו, עם מרכז מבקרים, ימי עיון אירועים שונים, כאשר המפורסם ביותר הם ההקפות השניות המסורתיות של ישיבת מרכז הרב עם אלפי אנשים שמגיעים למשך כל הלילה ומצטופפים בבית המדרש לריקוד עם ספרי התורה.
מאז פטירת הרב קוק ועד היום מתקיים מאבק משפטי על בעלות המבנה בין משפחתו של הרב לבין תנועת “הועד הכללי כנסת ישראל” אשר היה אמון על כספי החלוקה בימי היישוב. בתי דין רבים פסקו לטובת המשפחה.
עוד במוצאי שמחה תורה האחרון חסמו אלמונים את הכניסה למתחם על שרשראות של ברזל אשר אנשי הישיבה נאלצו לפרוץ כדי לאפשר את קיום ההקפות.
