האתר הארכיאולוגי של בית גוברין טומן בחובו “שכבות” של היסטוריה על פני דורות רבים של העת העתיקה בארץ ישראל.

החלק העתיק ביותר, המכונה העיר התחתית, כולל את השרידים מהעיר המקראית מרשה, אחת מערי יהודה בימי בית ראשון, אשר נוסדה בתקופה הישראלית הקדומה, והתקיימה עד התקופה ההלניסטית המאוחרת.

התל נחפר לראשונה בשנת 1889 על ידי שני ארכאולוגים בריטים. עיקר הממצאים מרוכזים כיום במוזיאון לארכאולוגיה של איסטנבול שבטורקיה.

המלך רחבעם ביצר את העיר ובהמשך הדורות היא שיחקה תפקיד משמעותי בקרבות אחרים. העיר נפגעה רבות בעת כיבוש סנחריב מלך אשור, ולאחר כיבוש נבוכדנצר מלך בבל וחורבן הבית העיר התרוקנה והיושבים בה עברו לעיר הסמוכה והחדשה יותר בית גוברין.
בעקבות הריק שנוצר התיישבו אדומים בעיר והקימו אותה מחדש, יחד עם יוונים שהגיעו בתקופה מאוחרת יותר. העיר עוד עברה תהפוכות רבות עד לחורבנה המוחלט בימי מרד החשמונאים.

השרידים המרשימים ביותר הן מערות הקבורה הצידוניות. המערה מרשימה במיוחד, היות שהיא כוללת – נוסף על גומחות הקבורה שבהן הונחו גופות המתים, גם ציורי קיר. ציורי הקיר המקוריים הושחתו, אך למרבה המזל הם הועתקו מבעוד מועד, כך שאפשר היה לשחזרם בדייקנות רבה.

העיר בית גוברין הפכה לאחר מכן לעיר חשובה בימי התלמוד, עם אוכלוסיה מעורבת של יהודים ורומאים. העיר עברה תהפוכות רבות לאורך ההיסטוריה והכיבושים ולאחר מלמחת העצמאות הוקם במקום קיבוץ בית גוברין.