הרבה אנשים, יהודים ולא-יהודים כאחד, אינם מבדילים בין מסגד אל אקצה לבין כיפת הסלע.
מסגד אל אקצה הינו האתר השלישי בחשיבותו ובקדושתו עבור המוסלמים. על פי המסורת המוסלמית זהו המקום אליו הגיע מוחמד במסעו הלילי ממכה לירושלים. מהר הבית עלה השמיימה עם המלאך גבריאל. עם זאת, ירושלים לא מוזכרים בקוראן אף לא פעם אחת. הפירוש אם כן הינו שמדובר בקוראן על “המסגד המרוחק, הקיצון” והכוונה איננה לירושלים כלל וכלל.
המסגד הוקם כמה עשרות שנים לאחר מותו של מוחמד.
במסגד אל-אקצא עצמו ובסביבתו יש מקום ל-5,000 מתפללים בקירוב.
המסגד חרב פעמים רבות, בעיקר עקב רעידות אדמה. משום כך הוא לא מתאפיין ביופי והדר או באחדות סגנונית.
מסגד אל אקצא שונה באופיו ממרבית המסגדים. הוא נעדר צריח וחצרות מסביבו. בין היתר זה נובע מהעובדה שבתפיסה המוסלמית ההר כולו נחשב למסגד.
החיכוכים והמתחים במסגד אינם חדשים. עבדאללה הראשון, מלך ירדן, נרצח עת ביקר והתפלל במסגד ב-20 ביולי 1951
שנתיים לאחר מלחמת ששת הימים הצית נוצרי אוסטרלי חולה נפש את המסגד, דבר שהביא למשבר קשה בין ישראל למדינות ערב.
כיפת הסלע, אחד מסמליה המפורסמים ביותר של עיר הקודש נבנתה לפני מסגד אל אקצה, והיא המבנה המוסלמי העתיק ביותר שנשתמר ללא שינויים מהותיים, ונחשבת למופת אדריכלי ואמנותי, ולפינת יסוד בתולדות האמנות והאדריכלות האסלאמיים. כיפת הסלע עצמה אינה מסגד, ואין נערכות בה תפילות בציבור, וההשערה היא שהיא נמצאת במקום זה היות וזה היה מקומו של קודש הקודשים בימי הבית.
