מזכרת בתיה היא דוגמא מעוררת השראה של בניה מתוך חורבן.
האיש המרכזי שעומד מאחורי הקמת המושבה הינו הרב שמואל מוהליבר – אשר יחד עם בעלי חזון אחרים הקים את אגודת “חובבי ציון” בעקבות הפרעות ברוסיה בשנים תרמ״א – תרמ״ב (1881 – 1882)
אנשי האגודה תלו תקוות בהתיישבות בארץ ישראל והאמינו שאם יבואו אליה יהודים, אשר יעבדו את האדמה, הם יוכיחו לעולם שהארץ מתאימה לחקלאות והיהודים מתאימים להיות חקלאים. בהתאם לתפיסה זו, יצא הרב מוהליבר לפריז, כדי לנסות לשכנע את הנהגת “כל ישראל חברים” לתמוך ברעיונו. הוא נכשל במשימה זו אך הצליח להתקבל אצל הברון רוטשילד.
פגישה זו הביאה את הברון לרעיון התמיכה בהתיישבות בא”י. הוא הסכים לעזור אם תמצא קבוצה, אשר הם עובדי אדמה מנעוריהם ויהיו מוכנים לעלות לא”י מרצונם ועל חשבונם. בהתאם לסיכום זה, יצא הרב מוהליבר לחפש קבוצת יהודים מתאימה
נמצאו 10 משפחות בכפר איכרים יהודים בשם פבלובקה בפולין. הוסכם כי תחילה יעלו הגברים על חשבונם, יעברו הכשרה במקוה ישראל, בית הספר החקלאי הראשון בישראל, ואם יוכיחו את עצמם כחקלאים, יקים למענם הברון מושבה. אז יוכלו להעלות גם את משפחותיהם.
בשלב זו החלו החיפושים אחר אדמה מתאימה להקמת מושבה. החיפושים נמשכו כשנה ובאוקטובר 1883 נרכשו 2,660 דונם מהכפר הערבי עקיר. במקור נקראה המושבה עקרון כיון שחשבו שהיה זה מקומה של העיר המקראית עקרון. לאחר מספר שנים, שונה שמה של המושבה למזכרת בתיה, על שם אמו של הברון.
במלחמת העצמאות מילאה מזכרת בתיה תפקיד חשוב, כבסיס להתארגנות השיירות בדרכן לירושלים הנצורה. אנשי המושבה דאגו לחיילים ולנהגי השיירות, ארחו אותם בבתיהם והשתדלו להקל עליהם ככל יכולתם.
כיום גרים במזכרת בתיה כ-14,000 תושבים.
